重新认识TBtools，减少你的生信分析烦恼（20190422）

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或许，没有人知道TBtools到底是什么？能干啥。
但是看完这个推文，或许你就知道了其中的一部分。

TBtools对外开放两年多，不时会有熟悉的不熟悉的人与我聊到TBtools。TBtools在每个人的认知上，或许都不一样。
有的人觉得TBtools就是 耽误了他们所谓的生物信息学习 。
有的人说，TBtools 保了他们毕业 。
也有的人说，TBtools 帮助了他发了文章
更或者，TBtools。。。

三年前开始写TBtools。功能很简单，主要是做做序列提取，也做了BlastWrapper（当时并不稳健）。目的很纯粹，课题组的人不会找我提取序列，也可以直接Blast到转录组找序列。那时候接触TBtools的朋友，或许都这么认为。
当然，后来我对这方面进行了各种增强，也保证了其现在的稳健性。 一个输入窗口，支持不同的输入 ，无论是提取序列全长，还是提取序列区段；不仅支持ID提取，还支持ID子串匹配...

此外，也增加了基于gff3进行序列提取的功能，比如提取所有序列的全长CDS，全长EXON，甚至是 可以批量一次性提取一个物种的所有启动子序列。

除了Blast Wrapper，可能还需要调用外部程序的，那么是muscle（主要是我实现的NW算法运行效率一般，用到多序列比对，就不提了）

可以从一个子菜单看到

功能相对丰富，包括

无论是两条序列的直接比较，还是两个序列文件，甚至是两个基因组的两个指定区间的Blast，TBtools中都已经提供了GUI；不仅于此，四种可视化方式，常常能满足大多数人的需求。

比如

后来，由于Blast2GO太慢了。基于IDmapping的逻辑，我大体写了一个GO注释的功能。当然，更重要的或许是直接写了GO和KEGG富集分析的功能。所以后来，也有不少做非模式生物的朋友认为，TBtools事实就做这个事情。其中也包括一些可视化，比如GO Level2的可视化。后来，我也写了一些富集结果的可视化。

慢慢地，我发现，网页版工具，如Venny，明明是很小的韦恩图绘制功能，网络太差，等待缓冲总是占用了我太多的时间。应该本地化。所以我索性写了一个 最高支持六组的Venn图 工具。当然，也有后来的UpsetPlot工具。
基因展示在染色体上的，类似MapChart的工具等。
此外也由于一些工具，如热图绘制上，我觉得用起来真的不顺手。或者参数太少，或者不容易调整各种细节。所以我也写了热图工具。
所以，或许确实有的朋友就觉得，你这工具，就是一个画图工具包。
Venn图与UpSetPlot

当然，你还可以直接绘制SeqLogo

基于前面我发送过的推文，总的来说，有了TBtools， 所有人无需任何一行命令，也不需要Linux或者虚拟机操作，可以完成常见的基因家族分析。
大体包括的工具有：

似乎， 有一些培训机构提供的线上线下的基因家族分析培训，需要使用的各种虚拟机，Linux，命令，脚本 ，统统都可以扔掉。常见的基因家族分析项目，可能只需要TBtools就完全足够了。
为此，慢慢地开始有朋友给TBtools下了定义： TBtools是一个基因家族分析工具包 。在我看来，事实上，这些朋友对TBtools有很大的误解。我从来就没想过写一个基因家族分析工具。不是因为TBtools要做一个基因家族分析工具，而是因为基因家族分析本身就是 所有人都需要，都懂的生物数据分析的基本技能 。我只是简化这些技能的实现。

正如下面，我所写的TBtools中，或许很多人想想不到功能一样。
与其说TBtools是你以为的基因家族分析工具，你不如说他是比较基因组分析工具，那么还显得高大上一些。

这半个月以来，课题组的安排下，我参与了一些基因组分析相关的工作；
基因组分析，本身确实是一个 耗费智力和体力 的活。分析过程中，也发现了一些或许可以 让所有人都从中获取生物信息 的分析手段。
于是我 花了两个晚上 的时间，写了几个工具。
加上一些以前TBtools中就有的工具，相信对做 基因组分析 的朋友会有一定的帮助。
但是，请注意，除非是赞助我们课题组的户外拓展活动或者合作单位，否则我并不保证这些工具的使用。

MCScanX是比较基因组分析中常用的工具。我已经将其打包到TBtools中，所以即使是windows用户，也可以轻松进行分析。此外，也不要求用户保证gff文件和blast文件的名字一致。

关于这个工具... 详细见公众号以前的推文。

Ka/Ks的计算，常常会被人问题。事实上，如果只是简单的进行 NG 算法的计算，是非常容易实现的。目前用的广泛的，或许是KaksCalculator2和PAML。这两个软件都是大牛级的软件。在TBtools中，我终于还是开放了去年还是前年实现的NG计算逻辑，并打了非常方便的GUI。用户几乎只有有CDS序列和基因对信息就可以直接进行计算，而完全不用浪费时间在文件格式整理上。

工具是不断地优化和发展的。
分析门槛也是会被不断打破的。
或许让所有人，都能有开展一些分析的能力，也是推进一些事物发展的方式。
欢迎尚未加到TBtools使用交流QQ群的朋友，加入

课题组每年暑期有 内部生信入门培训 ，主要是对实验室新生开展（以及湿实验为主的成员）培训。一直有收到其他课题组想要了解 我们课题组生信数据分析 的想法。故，在博导的提议和课题组的讨论后，我们近期计划，在本年度暑期（7~8月份之间） 对外 增设 生信基础培训 名额10枚（前面每年只是课题组内培训，而不对外）。具体请见 https://mp.weixin.qq.com/s/OtmeTErd9f9rvjJPtBKjMw

园艺植物小分子RNA与基因组研究 -夏瑞课题组

课题组主页： http://xialab.scau.edu.cn/

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